Table of contents
clades
refine
merge_configs()
read_auspice_configs()
read_json()
read_single_auspice_config()
remove_unused_metadata_columns()
update_deprecated_names()
ColorParser
ColorParser.mapping
ColorParser.parse_file()
ColorParserLine
ColorParserLine.fields
ColorParserLine.hex_code
ColorParserLine.is_comment_or_blank()
ColorParserLine.pair()
ColorParserLine.trait
ColorParserLine.trait_value
DuplicatedNonDictAttributeError
NodeData
NodeData.deep_add_or_update()
NodeData.update()
NodeDataFile
NodeDataFile.annotations
NodeDataFile.branches
NodeDataFile.generated_by
NodeDataFile.is_generated_by_incompatible_augur
NodeDataFile.items()
NodeDataFile.nodes
NodeDataFile.validate()
NodeDataObject
NodeDataReader
NodeDataReader.build_node_data()
NodeDataReader.check_against_tree_file()
NodeDataReader.node_data_files
NodeDataReader.node_names_from_tree_file
NodeDataReader.read()
configure_warnings()
deprecated()
deprecationWarningsEmitted()
warn()